Ungefär en sjättedel av kommunens yta är täckt av vatten. Det är mycket för en kommun som inte har kust eller riktigt stora sjöar.
I jordbrukslandskapet är det tyvärr vanligt med övergödningspåverkade slättsjöar. I skogsbygden finns de många små skogssjöarna. Vattnet är ofta humöst, brunfärgat, men som under sommaren ändå lockar den badsugna vandraren.
Försurning förekommer men genom en ambitiös kalkningsverksamhet bevaras skogsjöarnas fauna. Gnesta kommun har även ett antal "sjöpärlor", riktigt fina sjöar, som varken är övergödda eller försurade. Exempel på dessa skyddsvärda sjöar är Klämmingen, Likstammen och Lockvattnet.
